Главой Владимирской свято-Феофановской духовной семинарии является ректор – протоиерей Георгий Николаевич Горбачук.

Ректор Владимирской духовной семинарии назначается на должность на основании определения Священного Синода Русской Православной Церкви.

Ректор осуществляет руководство Владимирской духовной семинарией в соответствии с семинарским Уставом, при посредстве заместителей (проректоров), утверждаемых в должности правящим архиереем.

Ректором утверждается внутренний распорядок и регламент работы, полномочия структурных подразделений и должностные обязанности работников семинарии,  издаются приказы, распоряжения, указания, обязательные для исполнения педагогами, сотрудниками и учащимися семинарии.

Главным совещательным органом Владимирской духовной семинарии является Общее собрание корпорации, в которое входят все члены профессорско-преподавательской корпорации.

Частью Общего собрания является Ученый совет — коллегиальный орган, осуществляющий общее руководство деятельностью семинарии. В Ученый совет семинарии по должности входят: ректор, проректоры, секретарь Ученого сове­та, заведующие кафедрами. Другие члены Ученого со­вета избираются Общим собранием или назначаются ректором.

Проректоры, секретарь Ученого совета, заведующий Сектором заочного обучения, помощники Ректора, составляют администрацию Владимирской духовной семинарии.

  • Первый Проректор является первым заместителем ректора в управлении деятельностью ВДС. Эту должность занимает иерей Максим Дубовик, проректор по воспитательной работе Владимирской свято-Феофановской духовной семинарии.
  • Проректор по учебной работе организует учебный процесс и учебно-методическую работу в семинарии. Эту обязанность исполняет ректор протоиерей Георгий Горбачук.
  • Проректор по воспитательной работе осуществляет общее руководство воспитательной работой во Владимирской духовной семинарии. На этой должности находится иерей Максим Дубовик. В деятельности проректора по воспитательной работе ему помогает помощник духовника семинарии протоиерей Андрей Чикин, а также дежурные помощники проректора по воспитательной работе, осуществляющие непосредственную воспитательную и организационную работу со студентами. Проректор по воспитательной работе вместе со своими помощниками и курсовыми наставниками составляют Педагогическое совещание, подотчетное Административному совещанию.
  • Секретарь Ученого совета осуществляет подготовку заседаний Ученого совета, составляет протоколы заседаний и следит за исполнением их решений. В 2012 году секретарем Ученого совета назначена кандидат филологических наук, доцент Мартьянова Светлана Алексеевна.
  • Проректор (заведующий) по заочному обучению осуществляет руководство сектором заочного обучения Владимирской духовной семинарии. С 2013 года проректором СЗО назначен протоиерей Алексей Масалов.
  • Помощник ректора по хозяйственным вопросам. С 2013 года – Маляев Сергей Владимирович.
  • Контакты со СМИ осуществляются через Информационную службу Владимирской епархии (Мартьянова Светлана Алексеевна).
  • Духовник Владимирской духовной семинарии назначается митрополитом Владимирским и Суздальским Евлогием. На сегодняшний день им является протоиерей Василий Войнаков.
  • Ответственный за семинарский храм в честь св. блгв. кн. Александра Невского – протоиерей Андрей Чикин;